隔離是控制傳染性疾病傳播最有效的手段。因為不同疾病的潛伏期不同，疾病的癥狀可能幾周之后才能顯現，如很多時候攜帶或者感染病菌的新引近兔并不表現疫病癥狀。若將他們留置觀察數周就可能開始出現發病癥狀，養殖場若能按照隔離制度對新引進的兔只進行常規隔離觀察，其傳染病就能被快速而有效地得以控制。同樣對于有可能患傳染性疾病的兔，也要嚴格實行隔離制度。

因此，隔離制度對養兔場非常重要，當兔只發生傳染病時，首先要查明疫情蔓延的程度，應逐只進行臨床檢查，必要時進行血清學和變態反應等特異性檢查。根據檢查結果，可將受檢兔分為病兔、可疑病兔和假定健康兔三群，分別進行隔離。

一、病兔的隔離制度

病兔是指有明顯癥狀的典型病例，是最危險的傳染來源，應在徹底消毒的情況下，迅速將其單獨隔離或集中隔離在原來的兔舍，最好是送入病兔隔離舍，以控制傳染來源，把疫情限制在最小范圍內，以便就地消滅。要有專人管理，禁止閑雜人員或其他兔出入或接近，并在隔離病兔舍出入口設消毒槽。被病兔污染的地方和專用的飼養用具要進行緊急消毒，糞便要妥善處理。當查明為少數患兔時，最好捕殺，以防后患。

二、可疑病兔的隔離制度

可疑病兔是指無任何癥狀，或癥狀不明顯，但與病兔及其污染的環境有過明顯接觸，如同群、同舍、同籠、同一運動場，使用共同的水源、草場及用具等。這類兔有可能處在潛伏期，并有排菌(毒)的危險，應在嚴格消毒后轉移到別處看管，并限制其活動，詳細觀察。有條件時，應立即進行緊急預防接種或用藥物預防。

三、假定健康兔的隔離制度

假定健康兔是指與病兔、可疑病兔沒有接觸過的兔。對這種兔可立即進行緊急免疫接種，如無疫(菌)苗，可根據實際情況分開飼養，或轉移至偏僻飼養地。

四、隔離的期限

隔離病兔的期限，依據傳染病的性質和潛伏期的長短而不同。一般急性傳染病隔離的時間較短，慢性傳染病隔離的時間較長。此外，亦應根據各種傳染病痊愈后帶菌(毒)的時間不同，來決定其病兔隔離期限。

五、隔離設施

隔離設施與大群之間最理想的距離是4.8千米，如果條件不允許，至少也要達到400米。隔離設施與大群之間要有足夠的距離間隔，以便于員工在進行例行工作的時候無法輕易地在二者之間穿梭。隔離設施應配備單獨的卸載設施，而且布局上應考慮主流風向和表水徑流不會把污染從隔離設施帶到大群。隔離設施的運營應該遵循全進/全出的原則。隔離設施當中使用的料槽、鐵锨、刮糞器、手工工具等以及飼養員和獸醫所穿的衣物(靴子、連體服、帽子)應為隔離設施專用。不得拿到兔場其他地方使用。直到最后轉入的兔已經完成了所有檢測規程并且完成了隔離期之前，兔都不得從隔離設施轉出。

六、隔離期間的飼養管理

隔離期間應對種兔進行細致的觀察，至少每天一次觀察隔離階段的兔有無疾病癥狀，觀察兔的行動能力、糞便情況、精神狀態、吃料情況、呼吸情況等。還要看有無咳嗽、打噴嚏、腹瀉、糞尿中含有血或黏膜、異常或嚴重的皮膚損傷等癥狀。一旦發現兔如果表現任何癥狀，應該立即與其他兔分離，并馬上由獸醫進行檢查處理。執行隔離飼養工作的人員要求專人，絕對不允許與未實行隔離的其他舍兔接觸。