人工孵化種蛋是一個復雜的過程，影響孵化的因素很多，實踐證明，以下幾方面原因，會影響胚胎發育，甚至引起胚胎死亡。

　　(一)近交系數高，影響孵化率

　　近交系數高，近交可以導致一系列的衰退現象，種蛋孵化率低，胚胎胎位不正，早期死亡高。雛鳥出殼能力弱，無力破殼，導致死在殼內。雛鳥體弱，多數為弱雛，生長緩慢，死亡率高。親代沒有血緣關系、品種間(如紅頸X黑頸)，品系間雜交生命力強，種蛋孵化率高。

　　(二)種鳥營養不良影響孵化率

　　種鳥營養缺乏，導致種蛋的營養不均衡，孵化過程中引起胚胎早期、中期死亡或雛鳥畸形。

　　1、維生素 E，維生素A缺乏使血液循環受阻、失調導致胚胎死亡。

　　2、維生素 B12缺乏引起甲狀腺腫大、出血、水腫、失明。

　　3、核黃素、生物素缺乏引起軟骨發育不正常，骨短小，卷曲趾，腿細。

　　4、維生素D3缺乏或磷、鈣不足、比例失調，引起骨骼畸形。

　　5、微量元素錳、鋅缺乏，引起骨骼發育不正常，軟骨、腿骨短、畸形。

　　(三)種鳥患大腸桿菌，沙門氏桿菌等傳染病影響孵化率

　　大腸桿菌、沙門氏桿菌可垂直傳播給種蛋。孵化時即使胚胎發育完全，孵化后期因卵黃感染、腫大，而死亡在蛋殼中。出殼的雛鳥腹部腫大，臍帶閉合不全，有炎癥，成活率低。

　　(四)蛋的重量與質量影響孵化率

　　1、種蛋的重量 作為種蛋其重量一般以1000—1500克為宜。蛋過大(1600克以上)，氣室相對小，胚胎后期發育不良，出殼困難或出殼后雛鳥體弱。蛋過小(900克以下)，雛鳥多為弱雛，成活率很低。

　　2、蛋的形狀 以卵圓形最好。長形蛋、尖蛋、特圓的蛋、軟蛋、畸形蛋，其蛋內結構不正常，影響胚胎發育，孵化效果差。

　　蛋的形狀往往以蛋形指數來表示，蛋形指數=蛋的短徑÷蛋的長徑x100%，指數越小說明蛋趨向圓形，指數越大說明蛋趨向長形。

　　3、蛋殼質量 良好的蛋殼，表面呈淡米黃色并均勻分布一層透明、光滑、明亮的釉質膜，氣室在蛋的鈍端(大頭)。蛋殼上氣孔明顯，許多氣孔集中在蛋的鈍端部位。蛋表面粗糙，缺少釉質膜無光澤的蛋、簿皮蛋、沙皮蛋等，在自然條件下容易被污染。在孵化時這種蛋很難起到蛋殼保護胚胎正常發育的功能，胚胎隨時都可以死亡。

　　4、被污染的蛋 蛋被糞、尿、雨水浸泡污染，有害菌通過蛋殼上的氣體進入蛋內，危害胚胎發育，容易出現臭蛋。

　　(五)孵化前種蛋處理不當，影響胚胎發育，導致胚胎前期死亡。

　　1、貯蛋室內的溫度、濕度、衛生條件不達標影響胚胎發育。貯蛋室內的溫度要控制在18攝氏度左右，不能高于23攝氏度，因為23攝氏度是種蛋發育的臨界溫度，高于23攝氏度，胚胎細胞開始分裂，胚胎發育在緩慢進行，這樣的種蛋入孵后會導致弱胚或死胚。

　　貯蛋室相對濕度控制在60%—70%。不能高于80%，濕度高于80%以上，有利于細菌的滋生，種蛋易污染，影響蛋的質量。

　　貯蛋室要定期消毒，滅殺病源菌，保持清潔、衛生，防止種蛋污染。

　　2、種蛋的存貯時間影響胚胎發育。實踐證明，貯存溫度和入孵時間最理想的配伍為:貯蛋室攝氏18-20度時，種蛋貯存7天入孵;貯存溫度攝氏16-18度;最多不超過15天入孵;貯存溫度攝氏為12度，入孵時間不得超過30天的貯存期。在此期間要經常翻蛋。不遵守上述存貯原則，種蛋貯存時間過長，貯蛋室溫度高，入孵后胚胎發育很弱，出現胚胎早期死亡。

　　3、熏蒸消毒用藥量多、或熏蒸時間長，胚盤受到了嚴重刺激，會導致胚胎死亡。

　　(六)孵化期間溫、濕度對孵化效果的影響

　　由于孵化溫度不正確，影響蛋內各種酶的活性，而使各種組織器官發育失調，影響胚胎發育，甚至導致胚胎早期或晚期死亡。出雛的雛鳥質量也差。

　　1、孵化溫度偏高會出現：

　　(1)胚胎發育快，出雛早，雛鳥弱，且生長停滯。

　　(2)胚胎破殼困難，常死在殼中。

　　(3)雛鳥常出現共濟失調等神經障礙。

　　2、孵化溫度偏低會出現：

　　(1)胚胎發育緩慢，推遲出殼時間。

　　(2)雛鳥卵黃囊未吸收或吸收不良。

　　(3)雛鳥臍帶封閉不全，有炎癥。

　　(4)出殼時殘余蛋清使雛鳥與蛋片粘連，會傷害雛鳥皮膚。

　　(5)雛鳥弱小，發育受阻，死亡率高。

　　3、 孵化濕度偏高，會出現：

　　(1)蛋內水分散發(失重)困難，嚴重時影響胚胎氣體交換、胚胎水腫，無力出殼，死于殼中。

　　(2)出殼的雛鳥多數是濕雛、體弱，往往伴隨腹部腫大、水腫，臍帶閉合不全，易感染發炎，死亡率高。

　　4、孵化濕度偏低會出現：

　　(1)雛鳥弱，生長停滯。

　　(2)骨骼發育不正常。

　　(3)頸部彎曲。

　　(七)孵化期間翻蛋間隔時間過長或停止翻蛋，影響孵化率

　　孵化期間翻蛋間隔時間過長或完全停止翻蛋，引發胎位不正，易出現雛鳥曲頸、腳趾扭曲等畸形雛鳥或出現胚胎死亡。

　　(八)孵化機通風失控，影響孵化率

　　孵化機通風失控，機內二氧化碳和氧氣平衡失常，供氧不足，引起后期胚胎窒息死亡。

　　(九)停電會引起胚胎死亡

　　因停電原因導致孵化機停止運轉，機內溫度降低。涼蛋時間超過3個小時，胚胎死亡。

　　以上九個方面都可能是引起胚胎發育，導致胚胎死亡或雛鳥體弱、發育受阻等，死亡率高。針對上述誘因，加以研究和改進，會提高孵化效果。